कहानी बेबी जॉन उर्फ सत्य वर्मा (वरुण धवन) की है
जो अपने अतीत से पीछा छुड़ाकर बेटी खुशी (जारा) के साथ एक आम जिंदगी बिता रहा है।
केरल में बेकरी चलाने वाले बेबी जॉन की दुनिया उसकी बेटी के इर्द-गिर्द घूमती है।
लेकिन एक दिन गुंडों से बचकर भाग रही एक लड़की के कारण जब उसकी बेटी की जिंदगी खतरे में आती है,
तो उसे अतीत के पुराने पन्ने पलटने ही पड़ते हैं। कहानी 6 साल पीछे मुंबई पहुंचती है,
जहां डिप्टी कमिश्नर ऑफ पुलिस सत्य वर्मा अपनी ईमानदारी और बहादुरी के कारण जनता का सुपरहीरो होता है।
इसी दौरान एक बच्ची के जघन्य रेप और मर्डर के केस में वह चाइल्ड ट्रैफिकिंग का धंधा चलाने वाले
पुलिस और नेताओं को अपनी जेब में रखने वाले दबंग नाना (जैकी श्रॉफ) से टकराता है।
निडर सत्या, नाना के खौफ से डरे बिना उसके रेपिस्ट बेटे को सबक सिखाता है,
लेकिन उसे इसका खामियाजा अपने प्यार और पत्नी मीरा (कीर्ति सुरेश) और मां (शीबा चड्ढा) को खोकर चुकाना पड़ता है।